CICADA
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ABF
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Annexe
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Analysis parameters
CICADA
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Index
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Index
A
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W
A
about() (cicada.gui.cicada_main_window.CicadaMainWindow method)
add_analysis_overview() (cicada.gui.cicada_analysis_overview.AnalysisOverview method)
add_argument() (cicada.analysis.cicada_analysis_arguments_handler.AnalysisArgumentsHandler method)
add_argument_for_gui() (cicada.analysis.cicada_analysis.CicadaAnalysis method)
add_ci_movie_arg_for_gui() (cicada.analysis.cicada_analysis.CicadaAnalysis method)
add_data() (cicada.gui.cicada_main_window.CicadaMainWindow method)
add_group_data() (cicada.gui.cicada_main_window.CicadaMainWindow method)
add_multiple_combo_boxes() (cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.ComboBoxWidget method)
add_segmentation_arg_for_gui() (cicada.analysis.cicada_analysis.CicadaAnalysis method)
age (cicada.analysis.cicada_analysis_format_wrapper.CicadaAnalysisFormatWrapper attribute)
(cicada.analysis.cicada_analysis_nwb_wrapper.CicadaAnalysisNwbWrapper attribute)
AnalysisArgumentsHandler (class in cicada.analysis.cicada_analysis_arguments_handler)
AnalysisData (class in cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui)
AnalysisOverview (class in cicada.gui.cicada_analysis_overview)
AnalysisPackage (class in cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui)
AnalysisParametersApp (class in cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui)
AnalysisState (class in cicada.gui.cicada_analysis_overview)
AnalysisTreeApp (class in cicada.gui.cicada_analysis_tree_gui)
B
bring_to_front() (cicada.gui.cicada_analysis_overview.AnalysisState method)
(cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.AnalysisPackage method)
C
change_mandatory_property() (cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.MyQFrame method)
check_arguments_validity() (cicada.analysis.cicada_analysis_arguments_handler.AnalysisArgumentsHandler method)
check_data() (cicada.analysis.cicada_analysis.CicadaAnalysis method)
(cicada.analysis.cicada_connectivity_graph.CicadaConnectivityGraph method)
(cicada.analysis.cicada_hubs_analysis.CicadaHubsAnalysis method)
(cicada.analysis.cicada_psth_analysis.CicadaPsthAnalysis method)
CheckBoxWidget (class in cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui)
cicada.analysis.cicada_analysis (module)
cicada.analysis.cicada_analysis_arguments_handler (module)
cicada.analysis.cicada_analysis_format_wrapper (module)
cicada.analysis.cicada_analysis_nwb_wrapper (module)
cicada.analysis.cicada_connectivity_graph (module)
cicada.analysis.cicada_hubs_analysis (module)
cicada.analysis.cicada_psth_analysis (module)
cicada.gui.cicada_analysis_overview (module)
cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui (module)
cicada.gui.cicada_analysis_tree_gui (module)
cicada.gui.cicada_main_window (module)
cicada.preprocessing.cicada_data_to_nwb (module)
cicada.preprocessing.cicada_preprocessing_run (module)
cicada.preprocessing.convert_abf_to_nwb (module)
cicada.preprocessing.convert_ci_movie_to_nwb (module)
cicada.preprocessing.convert_processed_2d_series_to_nwb (module)
cicada.preprocessing.convert_suite_2p_rois_to_nwb (module)
cicada.preprocessing.convert_to_nwb (module)
cicada.preprocessing.utils (module)
CicadaAnalysis (class in cicada.analysis.cicada_analysis)
CicadaAnalysisFormatWrapper (class in cicada.analysis.cicada_analysis_format_wrapper)
CicadaAnalysisNwbWrapper (class in cicada.analysis.cicada_analysis_nwb_wrapper)
CicadaConnectivityGraph (class in cicada.analysis.cicada_connectivity_graph)
CicadaHubsAnalysis (class in cicada.analysis.cicada_hubs_analysis)
CicadaMainWindow (class in cicada.gui.cicada_main_window)
CicadaPsthAnalysis (class in cicada.analysis.cicada_psth_analysis)
class_name_to_file_name() (in module cicada.preprocessing.utils)
closeEvent() (cicada.gui.cicada_main_window.CicadaMainWindow method)
ColorDialogWidget (class in cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui)
columnCount() (cicada.gui.cicada_analysis_tree_gui.QAnalysisTreeModel method)
ComboBoxWidget (class in cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui)
ComparableItem (class in cicada.preprocessing.utils)
contains_ci_movie() (cicada.analysis.cicada_analysis_format_wrapper.CicadaAnalysisFormatWrapper method)
(cicada.analysis.cicada_analysis_nwb_wrapper.CicadaAnalysisNwbWrapper method)
convert() (cicada.preprocessing.convert_abf_to_nwb.ConvertAbfToNWB method)
(cicada.preprocessing.convert_ci_movie_to_nwb.ConvertCiMovieToNWB method)
(cicada.preprocessing.convert_processed_2d_series_to_nwb.ConvertProcessed2dSeriesToNWB method)
(cicada.preprocessing.convert_suite_2p_rois_to_nwb.ConvertSuite2pRoisToNWB method)
(cicada.preprocessing.convert_to_nwb.ConvertToNWB method)
convert_data_to_nwb() (in module cicada.preprocessing.cicada_data_to_nwb)
ConvertAbfToNWB (class in cicada.preprocessing.convert_abf_to_nwb)
ConvertCiMovieToNWB (class in cicada.preprocessing.convert_ci_movie_to_nwb)
ConvertProcessed2dSeriesToNWB (class in cicada.preprocessing.convert_processed_2d_series_to_nwb)
ConvertSuite2pRoisToNWB (class in cicada.preprocessing.convert_suite_2p_rois_to_nwb)
ConvertToNWB (class in cicada.preprocessing.convert_to_nwb)
correct_time_converter() (cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.RemainingTime static method)
create_convert_class() (in module cicada.preprocessing.cicada_data_to_nwb)
create_group_menu() (cicada.gui.cicada_main_window.CicadaMainWindow method)
create_nwb_file() (in module cicada.preprocessing.cicada_data_to_nwb)
create_results_directory() (cicada.analysis.cicada_analysis.CicadaAnalysis method)
create_sort_menu() (cicada.gui.cicada_main_window.CicadaMainWindow method)
create_tree_model() (cicada.gui.cicada_analysis_tree_gui.AnalysisTreeApp method)
create_widgets() (cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.AnalysisParametersApp method)
createActions() (cicada.gui.cicada_main_window.CicadaMainWindow method)
createMenus() (cicada.gui.cicada_main_window.CicadaMainWindow method)
D
data() (cicada.gui.cicada_analysis_tree_gui.QAnalysisTreeModel method)
deleteLater() (cicada.gui.cicada_analysis_overview.AnalysisState method)
(cicada.gui.cicada_analysis_overview.ResultsButton method)
detect_run_periods() (cicada.preprocessing.convert_abf_to_nwb.ConvertAbfToNWB method)
determine_ci_frames_indices() (cicada.preprocessing.convert_abf_to_nwb.ConvertAbfToNWB method)
doubleClickedItem() (cicada.gui.cicada_analysis_tree_gui.AnalysisTreeApp method)
drawBranches() (cicada.gui.cicada_analysis_tree_gui.QAnalysisTreeView method)
E
EmittingErrStream (class in cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui)
EmittingStream (class in cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui)
errOutputWritten() (cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.AnalysisPackage method)
except_hook() (in module cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui)
F
FileDialogWidget (class in cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui)
fill_tree_item_with_dict() (in module cicada.gui.cicada_analysis_tree_gui)
filter_list_according_to_keywords() (in module cicada.preprocessing.cicada_data_to_nwb)
filter_list_of_files() (in module cicada.preprocessing.cicada_data_to_nwb)
FinalMeta (class in cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui)
flags() (cicada.gui.cicada_analysis_tree_gui.QAnalysisTreeModel method)
flatten() (in module cicada.preprocessing.utils)
G
genotype (cicada.analysis.cicada_analysis_format_wrapper.CicadaAnalysisFormatWrapper attribute)
(cicada.analysis.cicada_analysis_nwb_wrapper.CicadaAnalysisNwbWrapper attribute)
get_analysis_argument() (cicada.analysis.cicada_analysis_arguments_handler.AnalysisArgumentsHandler method)
get_analysis_arguments() (cicada.analysis.cicada_analysis_arguments_handler.AnalysisArgumentsHandler method)
get_ci_movies() (cicada.analysis.cicada_analysis_format_wrapper.CicadaAnalysisFormatWrapper method)
(cicada.analysis.cicada_analysis_nwb_wrapper.CicadaAnalysisNwbWrapper method)
get_continous_time_periods() (in module cicada.preprocessing.utils)
get_data_identifiers() (cicada.analysis.cicada_analysis.CicadaAnalysis method)
get_data_to_analyse() (cicada.analysis.cicada_analysis.CicadaAnalysis method)
get_gui_widgets() (cicada.analysis.cicada_analysis_arguments_handler.AnalysisArgumentsHandler method)
get_identifier() (cicada.analysis.cicada_analysis_format_wrapper.CicadaAnalysisFormatWrapper method)
(cicada.analysis.cicada_analysis_nwb_wrapper.CicadaAnalysisNwbWrapper method)
get_intervals_names() (cicada.analysis.cicada_analysis_format_wrapper.CicadaAnalysisFormatWrapper method)
(cicada.analysis.cicada_analysis_nwb_wrapper.CicadaAnalysisNwbWrapper method)
get_pixel_mask() (cicada.analysis.cicada_analysis_format_wrapper.CicadaAnalysisFormatWrapper method)
(cicada.analysis.cicada_analysis_nwb_wrapper.CicadaAnalysisNwbWrapper method)
get_results_path() (cicada.analysis.cicada_analysis.CicadaAnalysis method)
get_roi_response_series() (cicada.analysis.cicada_analysis_format_wrapper.CicadaAnalysisFormatWrapper method)
(cicada.analysis.cicada_analysis_nwb_wrapper.CicadaAnalysisNwbWrapper method)
get_segmentations() (cicada.analysis.cicada_analysis_format_wrapper.CicadaAnalysisFormatWrapper method)
(cicada.analysis.cicada_analysis_nwb_wrapper.CicadaAnalysisNwbWrapper method)
get_value() (cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.CheckBoxWidget method)
(cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.ColorDialogWidget method)
(cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.ComboBoxWidget method)
(cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.FileDialogWidget method)
(cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.LineEditWidget method)
(cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.ListCheckboxWidget method)
(cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.ParameterWidgetModel method)
(cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.SliderWidget method)
H
headerData() (cicada.gui.cicada_analysis_tree_gui.QAnalysisTreeModel method)
I
identifier (cicada.analysis.cicada_analysis_format_wrapper.CicadaAnalysisFormatWrapper attribute)
(cicada.analysis.cicada_analysis_nwb_wrapper.CicadaAnalysisNwbWrapper attribute)
index() (cicada.gui.cicada_analysis_tree_gui.QAnalysisTreeModel method)
init_ui() (cicada.gui.cicada_analysis_tree_gui.AnalysisTreeApp method)
invalidate_all_items() (cicada.gui.cicada_analysis_tree_gui.AnalysisTreeApp method)
isIndexHidden() (cicada.gui.cicada_analysis_tree_gui.QAnalysisTreeView method)
K
keyPressEvent() (cicada.gui.cicada_analysis_overview.AnalysisOverview method)
(cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.AnalysisData method)
(cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.AnalysisParametersApp method)
(cicada.gui.cicada_analysis_tree_gui.QAnalysisTreeView method)
L
LineEditWidget (class in cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui)
ListCheckboxWidget (class in cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui)
load_analysis_argument_from_yaml_file() (cicada.analysis.cicada_analysis_arguments_handler.AnalysisArgumentsHandler method)
load_arguments() (cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.AnalysisParametersApp method)
load_arguments_parameters_section() (cicada.gui.cicada_analysis_tree_gui.AnalysisTreeApp method)
load_data() (cicada.analysis.cicada_analysis_format_wrapper.CicadaAnalysisFormatWrapper method)
(cicada.analysis.cicada_analysis_nwb_wrapper.CicadaAnalysisNwbWrapper method)
load_data_from_config() (cicada.gui.cicada_main_window.CicadaMainWindow method)
load_data_from_dir() (cicada.gui.cicada_main_window.CicadaMainWindow method)
load_group() (cicada.gui.cicada_main_window.CicadaMainWindow method)
load_group_from_config() (cicada.gui.cicada_main_window.CicadaMainWindow method)
load_rasterplot_in_memory() (cicada.preprocessing.convert_processed_2d_series_to_nwb.ConvertProcessed2dSeriesToNWB static method)
load_tiff_movie_in_memory() (in module cicada.preprocessing.utils)
load_tiff_movie_in_memory_using_pil() (in module cicada.preprocessing.utils)
M
merging_time_periods() (in module cicada.preprocessing.utils)
MusketeersWidget (class in cicada.gui.cicada_main_window)
MyFileDialogQButton (class in cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui)
MyQComboBox (class in cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui)
MyQFrame (class in cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui)
N
normalOutputWritten() (cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.AnalysisPackage method)
O
on_close() (cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.AnalysisPackage method)
on_group() (cicada.gui.cicada_main_window.CicadaMainWindow method)
on_sort() (cicada.gui.cicada_main_window.CicadaMainWindow method)
one_for_all() (cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.FileDialogWidget method)
open_dialog() (cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.ColorDialogWidget method)
(cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.MyFileDialogQButton method)
open_explorer() (cicada.gui.cicada_analysis_overview.ResultsButton method)
open_new_dataset() (cicada.gui.cicada_main_window.CicadaMainWindow method)
openWindow() (cicada.gui.cicada_main_window.CicadaMainWindow method)
P
ParameterWidgetModel (class in cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui)
parent() (cicada.gui.cicada_analysis_tree_gui.QAnalysisTreeModel method)
populate_menu() (cicada.gui.cicada_main_window.CicadaMainWindow method)
populate_session_list() (cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.AnalysisData method)
process_run_data() (cicada.preprocessing.convert_abf_to_nwb.ConvertAbfToNWB method)
ProgressBar (class in cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui)
Q
QAnalysisTreeModel (class in cicada.gui.cicada_analysis_tree_gui)
QAnalysisTreeView (class in cicada.gui.cicada_analysis_tree_gui)
R
RemainingTime (class in cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui)
reset_arguments() (cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.AnalysisParametersApp method)
ResultsButton (class in cicada.gui.cicada_analysis_overview)
rowCount() (cicada.gui.cicada_analysis_tree_gui.QAnalysisTreeModel method)
run() (cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.Worker method)
run_analysis() (cicada.analysis.cicada_analysis.CicadaAnalysis method)
(cicada.analysis.cicada_connectivity_graph.CicadaConnectivityGraph method)
(cicada.analysis.cicada_hubs_analysis.CicadaHubsAnalysis method)
(cicada.analysis.cicada_psth_analysis.CicadaPsthAnalysis method)
(cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.AnalysisParametersApp method)
S
SameFamilyWidgetsContainer (class in cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui)
save_analysis_arguments_to_yaml_file() (cicada.analysis.cicada_analysis_arguments_handler.AnalysisArgumentsHandler method)
save_last_data_location() (cicada.gui.cicada_main_window.CicadaMainWindow method)
save_yaml_with_name() (cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.AnalysisParametersApp method)
see_all_groups() (cicada.gui.cicada_main_window.CicadaMainWindow method)
select_group() (cicada.gui.cicada_main_window.CicadaMainWindow method)
selection_change() (cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.MyQComboBox method)
set_argument_value() (cicada.analysis.cicada_analysis_arguments_handler.AnalysisArgumentsHandler method)
set_arguments_for_gui() (cicada.analysis.cicada_analysis.CicadaAnalysis method)
(cicada.analysis.cicada_psth_analysis.CicadaPsthAnalysis method)
set_data() (cicada.analysis.cicada_analysis.CicadaAnalysis method)
(cicada.gui.cicada_analysis_tree_gui.AnalysisTreeApp method)
set_property_to_missing() (cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.MyQFrame method)
set_results_path() (cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.Worker method)
set_value() (cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.CheckBoxWidget method)
(cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.ColorDialogWidget method)
(cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.ComboBoxWidget method)
(cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.FileDialogWidget method)
(cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.LineEditWidget method)
(cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.ListCheckboxWidget method)
(cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.ParameterWidgetModel method)
(cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.SliderWidget method)
set_widgets_to_default_value() (cicada.analysis.cicada_analysis_arguments_handler.AnalysisArgumentsHandler method)
setProgress() (cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.Worker method)
sex (cicada.analysis.cicada_analysis_format_wrapper.CicadaAnalysisFormatWrapper attribute)
(cicada.analysis.cicada_analysis_nwb_wrapper.CicadaAnalysisNwbWrapper attribute)
SliderWidget (class in cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui)
sort_by_param() (in module cicada.preprocessing.utils)
species (cicada.analysis.cicada_analysis_format_wrapper.CicadaAnalysisFormatWrapper attribute)
(cicada.analysis.cicada_analysis_nwb_wrapper.CicadaAnalysisNwbWrapper attribute)
subject_id (cicada.analysis.cicada_analysis_format_wrapper.CicadaAnalysisFormatWrapper attribute)
(cicada.analysis.cicada_analysis_nwb_wrapper.CicadaAnalysisNwbWrapper attribute)
T
tabula_rasa() (cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.AnalysisParametersApp method)
to_stretch() (cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.CheckBoxWidget method)
(cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.ColorDialogWidget method)
(cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.ComboBoxWidget method)
(cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.FileDialogWidget method)
(cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.LineEditWidget method)
(cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.ListCheckboxWidget method)
(cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.ParameterWidgetModel method)
(cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.SameFamilyWidgetsContainer method)
(cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.SliderWidget method)
U
uncheck_all_sort() (cicada.gui.cicada_main_window.CicadaMainWindow method)
uncheck_group() (cicada.gui.cicada_main_window.CicadaMainWindow method)
update_button_color() (cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.ColorDialogWidget method)
update_frames_to_add() (in module cicada.preprocessing.utils)
update_original_data() (cicada.analysis.cicada_analysis.CicadaAnalysis method)
(cicada.analysis.cicada_connectivity_graph.CicadaConnectivityGraph method)
(cicada.analysis.cicada_hubs_analysis.CicadaHubsAnalysis method)
(cicada.analysis.cicada_psth_analysis.CicadaPsthAnalysis method)
update_progress_bar() (cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.ProgressBar method)
update_progress_bar_overview() (cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.ProgressBar method)
update_progressbar() (cicada.analysis.cicada_analysis.CicadaAnalysis method)
update_remaining_time() (cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.RemainingTime method)
W
weight (cicada.analysis.cicada_analysis_format_wrapper.CicadaAnalysisFormatWrapper attribute)
(cicada.analysis.cicada_analysis_nwb_wrapper.CicadaAnalysisNwbWrapper attribute)
Worker (class in cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui)
write() (cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.EmittingErrStream method)
(cicada.gui.cicada_analysis_parameters_gui.EmittingStream method)
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